漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一 配音）旋即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山南 配音）和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德（小山茉美 配音）冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀（林原惠美 配音）对其真实身份产生怀疑。
刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本会想到随着那名神秘女子技艺的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……
天崎滉平,兴津和幸,河西健吾,山下诚一郎
伊东健人 / 长妻树里 / 高冢智人 / 驹田航 / 藤原祐规 / 高森奈津美 / 石谷春贵 / 铃木裕斗 / 土岐隼一 / 田丸笃志
矢岛晶子,小林由美子,楢桥美纪,藤原启治,森川智之,兴梠里美,真柴摩利,林玉绪,一龙斋贞友,佐藤智惠,高田由美,七绪春日,富泽美智惠,三石琴乃,纳谷六朗,森田顺平
保住有哉 / 涩谷彩乃 / 石上静香 / 相川奈都姬 / 高森奈津美 / 津田美波 / 稻田彻 / ふじたまみ / 日笠阳子
神谷浩史 / 小西克幸 / 铃村健一 / 浪川大辅 / 兴津和幸
内详
千菅春香 / 冈本信彦 / 樱井孝宏 / 藤原夏海 / 伊濑茉莉也 / 大塚芳忠
竹内顺子,杉山纪彰,中村千绘,井上和彦,关俊彦,松本和香子,大塚芳忠,胜生真沙子,柴田秀胜,森久保祥太郎,伊藤健太郎,柚木凉香,小杉十郎太,增川洋一,远近孝一,田村由香里,江原正士,水树奈奈,鸟海浩辅,川田绅司,落合露美,大谷育江,重松朋,下屋则子,飞田展男,石冢运升,浅野真由美,石田彰,加濑康之,朴璐美,中田让治,保志总一朗,神奈延年,三木真一郎,中村大树,家中宏,福田信昭,楠大典,本田贵子,平